10 évvel a Szövetséggel vívott harcok után Anakinból komoly, 20 éves fiatalember lett, akinek tehetségét sok Jedi elismeri. Obi Wan, a fiú mestere már 30 éves, a Naboo egykori királynője, Padmé Amidala pedig 24 éves, és szenátornőként vesz részt a politikában.

A Szeparatisták az egykori Jedi, Dooku gróf vezetésével merényletet követnek el Amidala szenátor ellen, aki szerencsére testőrét küldi a hajóra, így ő megmenekül. A Tanács azonban úgy dönt, biztonsági okokból a Jedik védelmére bízza a lányt, aki tíz év után először találkozik újra Anakinnal és mesterével.

Anakin már akkor beleszeretett a lányba, amikor először meglátta a Tatooin-on. A Jedi azonban nem érezhet szerelmet, így a fiú, bár nem tudja nem mutatni érzéseit, titokban tartja gondolatait mestere előtt. A Tanács Anakint bízza meg a lány védelmével, aki bár próbált tiltakozni, szintén beleszeret a fiúba.Obi Wan eközben elindul megkeresni a merénylőt, a szálak pedig a távoli Camino bolygóra vezetnek, ahol egy gyárban a Köztársaság számára gyártanak klónkatonákat.

Eközben a Naboo romantikus Tóvidéke titkos szerelem helyszíne lesz: a két fiatal tiltott vonzódása és a köztük kibontakozó szerelem mesébe illő, ám Anakint rémálmok gyötrik: a Tatooin-on maradt édesanyjáról álmodik,aki haldoklik. A fiú ezért elindul a Tatooin-ra, Padmé-val együtt, édesanyját viszont nem tudja megmenteni: a buckalakók megölik Shmi-t, Anakin pedig gyilkossá válik, megöli anyja fogvatartóit.

A fiú tette súlya alatt és édesanyjának elvesztése miatt megtörik,azonban újabb baj történik: Obi Wan, aki időközben a Geonosis-ra utazik, Dooku gróf fogságába esik.

Anakin és Padmé tehát a Geonosis-ra indulnak, ahol a szeparatisták őket is foglyul ejtik. Padmé, tudva, hogy az Arénában már nem menekül, szerelmet vall Anakinnak. Az Arénában azonban nem várt esemény történik: megjelennek a Jedik és a klónkatonák, így a szeparatisták és a Köztársaság között kitör a klónháború. A Szenátus mindeközben megválasztja teljhatalmú uralkodóvá Palpatine főkancellárt, akiről senki sem sejti, hogy kicsoda is valójában. A kancellár 10 éve pártfogója Anakinnak, és hisz abban, hogy a fiú egyszer a leghatalmasabb Jedi lesz a galaxisban.

A háború közben Obi Wan és Anakin megküzd Dooku-val,akinek sikerül elmenekülnie. A háború végeztével a megmaradt Jedik visszatérnek a Köztársaságba, Anakin és Padmé pedig titokban összeházasodik a Naboo-n.A Jedik sejtése lassan beigazolódik:a Sithek jelen vannak, és bár sokan hisznek a jóslatban, Obi Wan sejti, hogy Anakin mély érzelmeket táplál Padmé iránt.